Уреаплазма может вызывать воспаление любых отделов мочеполового тракта - уретры, простаты, мочевого пузыря, яичек и их придатков, а у женщин - влагалища, матки и придатков. Кроме того, при некоторых исследованиях удалось установить, что уреаплазмы могут фиксироваться на сперматозоидах и нарушать их двигательную активность, а в ряде случаев просто убивать спермии.

Наконец, уреаплазма способна вызывать воспаление суставов, особенно при ревматоидном артрите.
Уреаплазма способна вызывать необратимые изменения в хромосомном аппарате клеток, поэтому они способны оказывать тератогенное влияние на плод человека. Имеются убедительные доказательства этиологической роли уреаплазмы при привычных абортах и преждевременных родах.